Al final de la primera película, el poderoso mago oscuro Gellert Grindelwald (Johnny Depp) fue capturado por MACUSA (Congreso Mágico de los Estados Unidos de América), con la ayuda de Newt Scamander (Eddie Redmayne).
A la deriva por la ciudad de Nueva York, la vida de un desilusionado joven recién graduado da un vuelco cuando empieza una relación con la amante de su padre.
El fanático científico Víctor Frankenstein (McAvoy) y su igualmente brillante protegido, Igor Strausman (Radcliffe), comparten la noble visión de ayudar a la humanidad a través de sus revolucionarias investigaciones en busca de la inmortalidad.
Gracias a una revolucionaria tecnología que desbloquea los recuerdos genéticos, Callum Lynch (Michael Fassbender) vive las aventuras de su ancestro, Aguilar, en la España del siglo XV.