La historia se centra en una mujer traumatizada que huye de su exmarido abusador con su hijo de 7 años. En su nuevo y remoto santuario, descubren que tienen que enfrentarse a un monstruo más grande y aterrador.
Neo vive una vida normal y corriente en San Francisco mientras su terapeuta le prescribe pastillas azules. Hasta que Morfeo le ofrece la pastilla roja y vuelve a abrir su mente al mundo de Matrix.