El conflicto afectó de forma especial a las mujeres, abocadas a años de esclavitud al servicio de grupos armados como el Ejército de Resistencia del Señor (LRA, por sus siglas en inglés). Violaciones, explotación sexual o matrimonios forzados son sólo algunos de los abusos sufridos antes de la desmovilización.
La Ley de Amnistía aprobada en Uganda no establece ningún apartado especial que ayude a las mujeres que han vuelto con algún hijo al cargo, de tal forma que reciben la misma asistencia que cualquier otra persona sin descendencia. Esta falta de ayuda les somete a una "revictimización", tanto a ella como a los "niños nacidos de la guerra", según el Proyecto Justicia y Reconciliación (JRP).
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