Un Japón futurista. Motoko Kusanagi (Scarlett Johansson), también conocida como The Major, es una agente especial cyborg, que lidera el grupo de trabajo de élite Sección 9. El objetivo de esta unidad de operaciones encubiertas dentro de la Comisión Nacional de Seguridad es luchar contra el ciberterrorismo y los crímenes tecnológicos.