Basada en la internacionalmente aclamada saga de ciencia ficción, "Ghost in the Shell" narra la historia de the Major, un híbrido cyborg-humano femenino único en su especie, de operaciones especiales, que dirige un grupo operativo de elite llamado Sección 9.
En pleno siglo XXI, la humanidad decidió empezar el proceso de terraformación de Marte, y para ello se envió una nave con musgo y cucarachas para que poblaran el planeta y generasen una atmósfera respirable por los seres humanos.